به منظور مطالعه ژنتیکی جمعیت های گل خورک ماهی Periophthalmus waltoni در مناطق خور زنگی، هندیجان و دلوار با استفاده از روش مولکولی RAPD، تعداد 69 نمونه گل خورک ماهی جمع آوری شد. DNA ژنومی نمونه‌ها از بافت نرم باله ماهی به روش فنل- کلروفرم استخراج و سپس کمیت و کیفیت DNA استخراج شده با استفاده از روش اسپکتروفتومتری و الکتروفورز ژل آگارز 1 درصد تعیین شد. واکنش زنجیره ای پلیمراز (PCR) با استفاده از 6 پرایمر RAPD ده نوکلئوتیدی صورت گرفت. مقادیر مربوط به فراوانی آللی، تعداد آللهای واقعی و موثر، هتروزیگوسیتی مشاهده شده و مورد انتظار، شاخص شانون، میزان شباهت و فاصله ژنتیکی, مقادیر Gst و جریان ژنی بر اساس آزمون AMOVA با استفاده از نرم افزار ژنتیکی Gene Alex و Pop Gene محاسبه گردید. بر اساس داده های فراوانی آللی، مجموعا 9 آلل اختصاصی یافت شد که 5 عدد از آنها مربوط به نمونه های منطقه هندیجان و 3 عدد از آنها مربوط به نمونه های منطقه دلوار و 1 عدد در منطقه خورزنگی مشاهده شد. میانگین میزان تنوع ژنتیکی در جمعیت هندیجان 2509/0 در حالیکه مقدار آن در منطقه خور زنگی 1815/0 و در منطقه دلوار 2267/0 می باشد. در سطح معنی داری 01/0 میزان شباهت ژنتیکی بین دو جمعیت هندیجان و خورزنگی 833/0 در حالیکه میزان شباهت بین هندیجان و دلوار 901/0 و میزان شباهت بین دلوار و خورزنگی 924/0 می باشد. نتایج این بررسی نشان داد که سه جمعیت مورد بررسی در واقع سه جمعیت مجزا بوده و متعلق به دو کلاستر می باشند.