به دلیل محدودیت منابع آبی، استفاده از سامانه‌های متراکم جهت آبزی‌پروری ضروری است. پژوهش حاضر با هدف مقایسه عملکرد سیستم بیوفلاک و نیمه مداربسته بر پاسخ‌های فیزیولوژیک، ایمنی و شاخص‌های رشد ماهی کپور معمولی (Cyprinus carpio) در سطح مزارع انجام شد. این آزمایش به مدت ۱۶ هفته در حوضچه‌های بتونی مستطیلی با جریان چرخشی (MCR) اجرا گردید. بچه ماهیان با میانگین وزن اولیه 08/0 ± 4/100 گرم در دو تیمار ذخیره‌سازی شدند. در سیستم نیمه مداربسته، روزانه ۵۰ درصد آب تعویض و ماهیان با جیره غذایی حاوی ۳۰ درصد پروتئین تغذیه شدند. در سیستم بیوفلاک، تعویض آب صورت نگرفت، نسبت کربن به نیتروژن با افزودن ملاس در محدوده ۱۲ تا ۱۵ حفظ شد و جیره غذایی حاوی ۲۵ درصد پروتئین استفاده گردید. نتایج نشان داد غلظت آمونیاک کل، نیتریت، نیترات، TDS و TSS در سیستم بیوفلاک به طور معنی‌داری بالاتر از سیستم نیمه مداربسته بود (05/0P <). با این حال این مقادیر در دامنه قابل‌تحمل آبزی قرار داشت. شاخص‌های رشد شامل وزن نهایی، افزایش وزن، نرخ رشد ویژه و ضریب تبدیل غذایی فاقد اختلاف معنی‌دار بین دو سیستم بود (05/0P >). در حالی که پروتئین دریافتی روزانه در سیستم نیمه مداربسته بالاتر بود، کارایی پروتئین در سیستم بیوفلاک افزایش معنی‌داری یافت (05/0P <). همچنین آنالیز ترکیبات لاشه تفاوت معنی‌داری بین دو تیمار نشان نداد (05/0P >). در بررسی فاکتورهای سرمی، میزان گلوکز، اوره و کراتینین در سیستم بیوفلاک به طور معنی‌داری افزایش یافت (05/0P <) که نشان‌دهنده استرس فیزیولوژیک خفیف است. با این حال، فعالیت آنزیم لیزوزیم سرم به عنوان شاخص ایمنی غیراختصاصی در سیستم بیوفلاک افزایش معنی‌داری نشان داد (05/0P <). به طور کلی، سیستم بیوفلاک با وجود کاهش پروتئین جیره و عدم تعویض آب، توانست عملکرد رشدی مشابهی با سیستم نیمه مداربسته ارائه داده و پاسخ‌های ایمنی ماهی کپور معمولی را تقویت کند.